什么是空间转录组？
空间转录组学是指在组织切片中，结合空间信息和转录组数据的测序技术，用于生成基因表达的空间图谱。它能够提供每个细胞在其原位环境中的基因表达数据，使研究人员可以在组织的三维结构中精确定位基因的活性和分布。
通过MERFISH技术，可以生成RNA表达、细胞类型、细胞状态和组织物理结构的完整生物图谱。空间转录组学提供了前所未有的生物学理解深度，为生物技术的下一个前沿打开了大门。
为什么要做空间转录组学？
借助先进的MERFISH空间转录组技术，研究人员可以在亚细胞水平上以≤100nm的分辨率高度特异性地定位RNA转录本，即使对于低表达的基因也不在话下。MERFISH空间转录组技术保留了组织结构，同时提供高效的多重能力，一次分析数百至数千个基因，从而能够探索单份样本中的单细胞、细胞间相互作用或组织水平结构。
MERFISH: 领先的空间转录组技术
MERFISH 技术通过使用组合标记、顺序成像和抗错条形码方案来扩展smFISH的功能，以nm精度检测RNA。MERSCOPETM进行的检测数据与Bulk RNA-seq以及scRNA seq数据高度一致，并且具有高度可重复性。
MERFISH 技术极其灵活，允许个性化定制探针，并与多种组织类型兼容。MERFISH 于2015年首次发表，此后已发表了100多篇经过同行评审的文章。
MERSCOPE平台应用优势
（1）丰富灵活的panel选择
MERSCOPE支持不同规格的个性化定制gene panel，分别是140个基因、300个基因、500个基因以及1000个基因。同时包含人肿瘤通路预制panel以及小鼠神经细胞类型预制panel。
（2）出色的检测效率
MERSCOPE实现单细胞水平上的基因表达分析，较于基于微阵列的平台，每个基因多检测出70x转录本。
（3）MERSCOPE平台兼容蛋白markers同时染色
转录水平不能完全代表蛋白的表达，比如蛋白翻译后修饰，或者β-淀粉样蛋白的聚集等。Vizgen开发出蛋白marker染色试剂盒，可在同一张组织切片上进行6种或以上蛋白markers的染色以及几百上千种基因的同时分析。更好地研究特定组织结构或细胞类型中的基因表达。
MERSCOPE平台应用
（1）MERSCOPE实现真正意义上的单细胞图谱绘制。
Allen研究所2023年基于MERSCOPE平台以及scRNA seq数据绘制出成年小鼠大脑所有的5200种细胞类型。
（2）在MERSCOPE上基于细胞空间邻近分析预测细胞互作及免疫应答机制。
